Nació en Manizales el 14 de marzo de 1941.  Fue ordenado sacerdote el 22 de agosto de 1964 en Manizales, e incardinado a la misma Arquidiócesis. Llegó a Cartagena por invitación de Monseñor Rubén Isaza Restrepo, Administrador Apostólico de esta Arquidiócesis, previo diálogo con Monseñor Arturo Duque Villegas, Arzobispo de Manizales.

Siempre en su vida sacerdotal vivió con sus padres y con algunos de sus hermanos, su familia estaba conformada por 5 mujeres y 4 hombres, de los cuales se han muerto tres hombres. El Padre Eduardo ocupaba el puesto No. 7 entre sus hermanos.

La casi totalidad de su vida sacerdotal la vivió en la Arquidiócesis de Cartagena, a la cual se incardinó después de varios años de servicio. Los diversos encargos sacerdotales que tuvo en la Arquidiócesis fueron los siguientes:

  • Coordinador de la Zona No. 2, en Febrero de 1972.
  • Vicario Ecónomo de la Parroquia San Luis Beltrán en mayo de 1972
  • Capellán del Instituto Politécnico Femenino de Cartagena en agosto de 1972
  • Fundó por encargo del Señor Arzobispo Monseñor Rubén Izasa Restrepo la Parroquia de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá a la cual sirvió durante 40 años, desde el 30 de octubre de 1976 hasta julio del 2016, cuando renunció a causa de la aparición de un tumor canceroso en sus pulmones. Durante sus 40 años en la Parroquia de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá se entregó con generosidad y celo apostólico a servir todos los sectores de la comunidad y a todas sus familias. La gente lo recordará particularmente por su cercanía a todos y su dedicación a la evangelización de la parroquia.
  • Fue miembro de la Junta Directiva de la Fundación para la Congrua Sustentación del Presbiterio de Cartagena en 2006.
  • Cumplió sus Bodas de Oro Sacerdotales el 22 de agosto del año 2014.
  • A causa de su enfermedad se retiró de la parroquia ya que los médicos lo sometieron a un delicado tratamiento quimioterapia. Durante su enfermedad, muy dolorosa, nos dio a todos un gran ejemplo de valor para asumir el sufrimiento con una gran fe en el Señor Jesús. Sin embargo todavía prestó algunos servicios ministeriales particularmente en la Casa de Retiro Sainville de las Hermanas de la Presentación en Cartagena.
  • Fue llamado por el Señor a la bienaventuranza eterna el viernes 19 de enero  y sus exequias se realizarán el sábado 20 de enero, a las 11:00 a.m. en el templo de la Parroquia María de las Mercedes en el Cabrero, Cartagena.​

La vida del Padre Eduardo Villegas deja a la Arquidiócesis de Cartagena el buen sabor de una vida sacerdotal vivida con alegría y siempre dispuesta a servir a los fieles. Simpático y sencillo; hombre de oración y de gran amor a nuestra Iglesia. Con su familia siempre ha tenido una devoción especial por Santa María Bernarda Bütler. Igualmente se destaca su amor entrañable a su familia con la cual siempre vivió. Acompañamos en este momento de sufrimiento especialmente a sus hermanos y sobrinos.

La Familia del Padre Eduardo sugiere que no envíen flores con motivo de su deceso, en su lugar sugiere una donación para la Fundación Talitha Qum de la Arquidiócesis de Cartagena, que bendijo el Papa Francisco en su pasada visita a la ciudad. Su Donación la pueden hacer a la cuenta de ahorro  No. 90550926330 del Banco GNB Sudameris, a nombre del Secretariado de Pastoral Social Nit.: 806011605-7.